Rugbrødsdeje består hovedsageligt består af rugmel, og
er typisk er hævet ved hjælp af gær og syrnet med surdej. Rugbrødsdeje er specielle i og med, at de kræver en sænkning af pH for at forhindre en enzymatisk ødelæggelse af stivelsen (dette giver dog den specielle og karakteristiske milde syrlige rugbrødssmag), og den manglende udvikling af gluten som betyder, at brødet er mere kompakt end hvedebrød.
Sænkning af pH kan gøres ved hjælp af en surdej. Denne proces er svær at styre derhjemme, men betyder når den lykkedes, at man opnår en blanding af rugmel og vand, hvori der spontant er udviklet mælkesyrebakterier og eddikesyrebakterier i det rigtige forhold (80% / 20%) plus en anelse vildgær, og at surdejen indeholder tilstrækkelig med syre (såkaldte syregrader) til at syrne rugbrødet uden at det bliver for surt. Som det ses af ovenstående er der mange ting der skal passe sammen, så helt let med egen fremstilling af surdej er det ikke, men det giver ens egen helt specielle smag til rugbrødet hver gang! I normale opskrifter til surdeje i hjemmet anvender man kærnemælk til rugmelet for at sikre en udvikling af stamme mælkesyrebakterierne og en anelse bagegær for at sikre hvilken gærtype det er.
Man kan også bruge ren syre f.eks. i form af kærnemælk, så er man helt ud over at skulle tænke på surdej, eller alternativt købe en færdig rugbrødsblanding hvor surdejen er fremstillet under kontrollerede former og efterfølgende tørret og tilsat i rugbrødsblandingen i en mængde, der passer til mængden af rug i produktet. I begge tilfælde skal man selvfølgelig tilsætte bagegær.
Rugbrød er med sin grove konsistens meget velegnet til tilsætning af forskellige kerner og frø. Generelt er det altid en fordel, hvis de har været sat i blød i op til 24 timer inden æltning af dejen. Det sikrer, at kernerne og frøene er bløde og lækre at tygge på i det færdige brød og giver konsistens til brødet. Iblødsætningsforholdet er typisk 1 del kerner/frø til 2 dele vand, overskydende vand hældes bort inden tilsætning til dejen. Kerner såsom hvede- eller rugkerner kan også koges i 2-3 min. og afkøles, inden tilsætning til dejen i samme forhold mht. vand/kerner.
Typiske brød er mørkt rugbrød, fuldkornsrugbrød og solsikkerugbrød.
Ved bagning af rugbrød har fremgangsmåden altid følgende trin:
1. Fremstilling af surdej
2. Æltning af rugbrødsdejen
3. Liggetid/hævetid
4. Formning af brød
5. Hævning
6. Bagning
7. Afkøling